Puerto Rico es un conjunto de islas y la principal —la de mayor magnitud y extensión territorial— lleva el nombre con el cual se nombra al conglomerado propiamente.
El sistema natural, comprendido por la Isla de Caja de Muertos, Cayo Morrillito, Cayo Berbería y las aguas circundantes, conforma la Reserva Natural Isla Caja de Muertos.