A los peces de agua dulce nativos de Puerto Rico los podemos clasificar como secundarios y periféricos, y en esta obra haremos énfasis en las especies de tipo secundarias.
La Provincia del Sur de Puerto Rico (o de la zona sur de la isla) posee varios acuíferos aluviales independientes: Patillas a Salinas, Coamo (Santa Isabel y Coamo), Juana Díaz a Ponce, Tallaboa (Peñuelas) a Guayanilla, Yauco y Guánica. A continuación, la descripción del estado de los acuíferos de la
Los embalses son lagos, construidos por el ser humano, con el propósito principal de almacenar agua para el consumo doméstico e industrial, el riego de campos agrícolas, la producción de energía eléctrica y el control de las inundaciones durante eventos extraordinarios de lluvia.
La calidad de las aguas superficiales y subterráneas en Puerto Rico varía desde excelente hasta altamente contaminadas, dependiendo principalmente de la ubicación geográfica de las fuentes y la época del año.
El Valle de Lajas, localizado en la región suroeste de Puerto Rico, posee acuíferos relativamente extensos, de productividad menor y de aguas mineralizadas debido al clima, la geología y las prácticas de cultivo.
Las aguas superficiales constituyen el recurso hídrico más importante en Puerto Rico, y yacen sobre la superficie del suelo en cuerpos denominados como: quebradas, ríos, arroyos, embalses, lagunas, canales, estuarios, humedales y manantiales.