La rama judicial de Puerto Rico — que junto a la ejecutiva y la legislativa se encargan de liderar el País — está encabezada por el Tribunal Supremo, el cual es el foro judicial de última instancia en el que recae la interpretación de la Constitución y las leyes del Estado Libre Asociado de Puerto Rico.

El Tribunal Supremo, tal como existe en la actualidad, se estableció en 1952, sin embargo sus orígenes se remontan al siglo XIX. En 1831, por decreto del Rey Fernando VII, se estableció la Real Audiencia Territorial de Puerto Rico, el primer tribunal de apelaciones en la colonia. Hasta entonces, las apelaciones se presentaban ante la Audiencia de Santo Domingo y, una vez que esta isla pasó a dominio francés en 1795, en la de Puerto Príncipe, Cuba. La Audiencia Territorial comienza oficialmente sus labores judiciales a partir del 23 de julio de 1832, cuando se instalaron en una vieja casona en la isleta de San Juan.

Las funciones de este cuerpo consistían en atender las apelaciones de carácter civil. También, se encargaba de nombrar internamente al gobernador y otros funcionarios; resolver, junto con el gobernador, asuntos administrativos; supervisar a los tribunales inferiores y solucionar problemas de jurisdicción entre éstos; ver los casos en contra del gobernador y otros funcionarios públicos y examinar a los aspirantes a abogados, escribanos y procuradores, entre otros. Las decisiones de la Real Audiencia Territorial tenían que llevarse ante el Tribunal Supremo de Madrid.

La composición de la Audiencia consistía en un presidente, puesto que ocupaba el gobernador, un regente y cuatro oidores o magistrados, nombrados todos por el gobierno central español. La primera Audiencia estuvo constituida por el gobernador Miguel de la Torre, el regente Francisco de Paula Vilches, quien se encargaba de los trabajos judiciales, y los magistrados José Ramón Oses, José Ramón Mendiola, Jaime María de Salas y Antonio de Benavides, quien fungía como fiscal para asuntos civiles, criminales y de Hacienda. A partir de 1855, se desvincula el Ministerio Fiscal de la Audiencia y en 1861, se desliga al gobernador de la presidencia.

En 1899, luego del cambio de soberanía, por orden del general John R. Brooke, comandante del territorio, se deshace la Audiencia Territorial y se crea la Corte Suprema de Justicia, la cual sería el tribunal de última instancia para los casos civiles y criminales en la Isla. Los jueces asignados fueron José Severo Quiñones, presidente, José Conrado Hernández, presidente de Sala, y los magistrados Juan Morera Martínez, José de Diego, José María Figueras, Rafael Nieto Abeillé y Luis de Ealo y Domínguez.

Con la aprobación de la Ley Foraker de 1900, el gobierno militar que había existido en la Isla desde 1898 llega a su fin y se constituye un gobierno civil dividido en tres poderes: el ejecutivo, el legislativo y el judicial. La rama judicial incluía la creación de una Corte Suprema, cortes de Distrito y cortes Municipales y una corte de Distrito de Estados Unidos para Puerto Rico (tribunal federal).

La Corte Suprema estaba constituida por un presidente y cuatro jueces asociados, nombrados por el presidente de Estados Unidos. Los miembros del primer tribunal fueron José Severo Quiñones, juez presidente, y los jueces asociados José Conrado Hernández, José María Figueras, Rafael Nieto Abeillé y Louis Sulzbacher. Estos últimos dos fueron sustituidos por James Harvey McLeary y Adolf Grant Wolf.

En 1952, se crea el Estado Libre Asociado de Puerto Rico, un nuevo sistema de gobierno basado en una constitución, con su respectiva carta de derechos. La Constitución y la Ley de la Judicatura establecen la creación del Tribunal General de Justicia, encabezado por el Tribunal Supremo, que sería el de última instancia, y el Tribunal de Primera Instancia, constituido, a su vez, por el Tribunal de Distrito.

La composición del Tribunal Supremo sería de un juez presidente y cuatro jueces asociados, cuyo número podría aumentar por ley si este cuerpo así lo solicitase, como ocurrió en 1961 cuando aumentó a ocho el número de jueces asociados y en 1975, cuando se disminuyó a seis.

En la actualidad, la composición del Tribunal Supremo consiste en un juez presidente y seis jueces asociados. El gobernador de Puerto Rico nombra a los candidatos para juez y luego el senado acepta o deniega la nominación. Una persona fungirá como juez del Supremo hasta los setenta años, la edad de retiro.

El Tribunal Supremo es el máximo intérprete de la Constitución y las leyes del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, pero no tiene jurisdicción sobre las leyes federales. También, regula la profesión de la abogacía en la Isla. Este cuerpo funge como tribunal de apelaciones y sus decisiones son fuente de derecho, es decir establecen precedente.