El Museo del Barrio fue fundado en East Harlem (El Barrio) en 1969 por un grupo de artistas, educadores, y activistas comunitarios puertorriqueños. Entre los fundadores y fundadoras del Museo se encuentran los líderes y artistas puertorriqueños Martha Vega, Rafael Montañez Ortiz (también conocido como Ralph Ortiz), e Hiram Maristany. Contó entre sus directores puertorriqueños al escritor y artista Jack Agüeros, y a la historiadora de las artes Susana Torruella Leval. Desde su fundación, el Museo se ha convertido en una de las más valiosas instituciones culturales y educativas para la promoción de las artes plásticas y la difusión de la obra de artistas puertorriqueños y de otros grupos latinos.

Desde su sede en un edificio neoclásico de la Quinta Avenida de Nueva York, lugar que ocupa desde 1977, el Museo ofrece una colección permanente de numerosas obras de artistas puertorriqueños y de otros grupos latinos. También auspicia exposiciones rodantes, programas educativos, publicaciones, y festivales. Tanto sus colecciones permanentes como sus exposiciones incluyen desde el arte precolombino hasta el contemporáneo.

El Museo surgió en una época de gran activismo social y político en defensa de los derechos civiles de las minorías etnoraciales en Estados Unidos. Este activismo también incluyó la revitalización cultural en la literatura, la música, y las artes plásticas entre los sectores marginados de la sociedad estadounidense. Debido a sus orígenes de base, esta institución ha mantenido estrechos vínculos con las comunidades puertorriqueñas y de origen latino en general, y ha sido parte de su misión el promover el arte y la educación popular.

En 1973, el Museo auspició la exposición “The Art Heritage of Puerto Rico” (La Herencia Artística de Puerto Rico), una iniciativa conjunta con el Museo de Arte Metropolitano de Nueva York. Esta exposición incluyó toda una gama de expresiones artísticas de diferentes periodos históricos, entre ellas, cemíes taínos, otras piezas de piedra, cerámica, obras de santeros talladas en madera, pinturas clásicas y modernas, carteles, serigrafías, fotografías, y esculturas. Desde su fundación, el Museo del Barrio ha auspiciado numerosas exposiciones a través de los años. Una de las más prominentes ha sido la exposición “Bridge Between Two Islands” (Puente entre dos islas) del año 1978, la cual promovió los vínculos entre los artistas de la Isla y los de la diáspora.

Los cambios en la composición étnica de la ciudad de Nueva York en las últimas décadas con la llegada de inmigrantes dominicanos, mexicanos, centroamericanos, y de otras islas no hispánicas del Caribe, han ampliado la esfera artística del Museo, él que ahora se define como institución promotora del arte caribeño y latinoamericano. A través de los años, el Museo del Barrio ha logrado un alto nivel de reconocimiento dentro del mundo cultural neoyorquino y estadounidense.