El Instituto de Estudios Históricos Juan Alejo de Arizmendi es un centro de investigación y estudio sobre la Iglesia Católica en Puerto Rico. Es producto de los esfuerzos de la celebración de los quinientos años de la evangelización de Puerto Rico. La Iglesia Católica en Puerto Rico forma parte de la historia de la Iglesia Católica en América Latina y el Caribe y aún no se tiene completo conocimiento de su devenir histórico. El Instituto Arizmendi responde a esa necesidad de reflexión, investigación y difusión que requiere la teología para poder comprender el impacto que ha tenido la Iglesia como institución y como comunidad de creyentes. Se entiende que Puerto Rico carece de foros de diálogos, movimientos o manifiestos católicos que permitan la difusión de su pensamiento. Al igual que un archivo, el Instituto Arizmendi cumple con la labor de salvaguardar documentos importantes de investigación. Pero además, fomenta y promueve la investigación académica en torno al tema de la Iglesia en Puerto Rico y mantiene asesoría, tutoría y seminarios para estudiantes en proceso de investigación de tesis.

El Instituto Arizmendi cuenta con los archivos del Vicariato General y vislumbra adquirir los fondos de las iglesias de Isabela, Yauco, Bayamón, Cataño y Comerío. También espera por los documentos de la provincia holandesa de dominicos y del Archivo General de la Orden de Predicadores en Santa Sabina, Roma. Cuenta además con el apoyo de los distintos centros de estudio y archivos de Puerto Rico y trabaja en colaboración con la Biblioteca P. Martin J. Berntsen, O.P. de los frailes Dominicos de Puerto Rico y con el Centro de Estudios de los Dominicos del Caribe y la Universidad Central de Bayamón. Actualmente, se encarga de la preparación del Diccionario Enciclopédico de la Iglesia Católica en Puerto Rico desde 1493 hasta el año 2000. Como preámbulo a este proyecto, se publicó en 1999 el libro Pastores, maestros y profetas. Los obispos de Puerto Rico y el Caribe, 1511-2000.

El Instituto Arizmendi es un proyecto que pretende aportar al estudio de la cultura puertorriqueña, principalmente en el ámbito histórico-religioso. Cuenta con varias iniciativas de interés para muchos religiosos, historiadores y estudiantes atraídos por el conocimiento del desarrollo del pueblo y del catolicismo puertorriqueño.