Para la década de 1960 los funcionarios de la Compañía de Fomento Industrial entendieron que debían hacer esfuerzos por convocar industrias que invirtiesen grandes sumas de capital y requiriesen de mano de obra diestra y semidiestra. Los obstáculos enfrentados con las industrias de poca inversión de capital y con el empleo de mucha mano de obra eran evidentes. En la década de 1960 muchas fábricas habían cumplido con los años de exención contributiva garantizados por la Ley de Incentivos Industriales de 1947 y comenzaban a cerrar operaciones. Los costos de los salarios aumentaron y los patronos veían un obstáculo en el aumento de la paga a los obreros, no porque estuviesen perdiendo colosales sumas de dinero, sino porque deseaban mantener los márgenes de ganancia que inicialmente tenían. Por otro lado, los obreros ganaban muy poco, debido al alza del costo de vida y del salario mínimo fijado en Estados Unidos. Era necesario, por lo tanto, convocar industrias que pagasen salarios más altos y que invirtiesen gran cantidad de capital en alta tecnología. Se esperaba que las actividades de estas industrias tuviesen un efecto en las actividades industriales secundarias.

La Compañía de Fomento Industrial atrajo a las industrias petroquímicas a mediados de la década del cincuenta. Para 1956, ya se habían establecido la Caribe Nitrogen, la Gulf Caribbean y la Commonwealth Oil Refining Company (CORCO). El objetivo era aprovechar la creciente dependencia de Estados Unidos en la importación del petróleo y, específicamente, en el petróleo venezolano. Puerto Rico pasó a ser parte de las etapas de producción del petróleo y, además, se benefició de la elaboración de sus productos derivados. De 1952 a 1956, las industrias petroquímicas invirtieron en Puerto Rico 78.4 millones de dólares, esto representó un 27 por ciento de la inversión total en el sector manufacturero. Para 1966, la CORCO tenía un inmenso complejo petroquímico vinculado a los monopolios de las compañías Hercules Chemical, Pittsburgh Plate Glass y Shell Oil. La industria llegó a alcanzar la capacidad de refinación de 5,750,000 toneladas al año. A esto se añadió la producción de colorantes, fibras sintéticas y otros. En 1975, la capacidad de refinación alcanzó los 300,000 barriles de petróleo diarios. Las inversiones en 49 plantas en Puerto Rico sumaron un total de $1,900 millones de dólares. Entre ellas se encontraba la Phillips Petroleum Company, con una inversión inicial de 53 millones de dólares. La CORCO exportó 40 por ciento de su producción a otras islas del Caribe y a los Estados Unidos. Los subsidios federales a estas industrias alcanzaron los 100 millones de dólares, lo que permitió mantener precios competitivos en los productos elaborados en Puerto Rico. Sin embargo, esto no necesariamente significó que los capitalistas puertorriqueños se beneficiasen ampliamente de las ganancias; a finales de la década del setenta solo el 10% de las acciones eran controladas por estos.

Se pensó que la llegada del petróleo extranjero aportaría una porción del valor añadido en el proceso de producción. Sin embargo, las limitaciones fueron muchas. Uno de los principales obstáculos estaba relacionado con una ley creada bajo la administración del presidente Eisenhower en la década de 1950 para proteger las ganancias del petróleo estadounidense. Esta obligó cuotas estrictas que definieron la cantidad de petróleo extranjero a entrar a las costas de Estados Unidos, siguiendo los niveles de importación permitidos en 1958. Para garantizar unas condiciones adecuadas a las industrias establecidas en Puerto Rico, los funcionarios del Estado Libre Asociado (ELA) clamaron por cláusulas de excepción para el tiempo en que se pretendían proteger los intereses de la Phillips Petroleum. Funcionarios del Gobierno de Estados Unidos en Washington promovieron condiciones especiales para las industrias en Puerto Rico pero los intereses de Standard Oil, Continental Oil y de varios senadores del Congreso estadounidense se opusieron. En 1964, Luis Muñoz Marín escribió una carta al presidente Johnson en la que planteó: “El establecimiento de este complejo petroquímico en Puerto Rico es vital para alcanzar nuestra meta de erradicar la pobreza en la isla”. La administración de Johnson respondió inicialmente a favor de los funcionarios del ELA, pero en 1967 veintiocho senadores crearon una ley para limitar con rigor la entrada a Estados Unidos de productos hechos a base de petróleo que no fuesen de petróleo crudo exclusivamente. La ley fue específica en restringir el embarque de estos productos desde Puerto Rico. La administración Johnson reaccionó a la legislación acordando restringir la cantidad de petróleo importado a Puerto Rico. Esta acción declaró la muerte al proyecto económico impulsado por los funcionarios del ELA.

A las presiones de los intereses petroleros estadounidenses se sumó, a comienzos de la década de 1970, el alza de los precios del petróleo extranjero impulsada por la Organización de Países Exportadores de Petróleo (OPEC). Sin embargo, uno de los problemas medulares de la segunda etapa de la Operación Manos a la Obraestaba relacionado con la tradicional estrategia de exención contributiva a las industrias. Las industrias petroquímicas brindaban una alta inversión de capital, pero la cantidad de empleados requeridos era poca. El comisionado residente de Puerto Rico, Santiago Polanco Abreu, dijo en 1968 que $400,000,000 de inversión en la isla habían generado solo 4,000 empleos. Además, compañías como la Phillips Petroleum, que estaban obligadas por el Gobierno estadounidense a reinvertir parte de sus ganancias en Puerto Rico, crearon estrategias para escapar de su responsabilidad. Esto, teniendo en cuenta que la compañía alcanzó excedentes en sus primeros años, entre $15 a $30 millones de dólares. En 1979 la CORCO empleaba solo 1,450 trabajadores, cifra que no redujo los niveles de desempleo. Esto contrastó con los altos costos de construcción de infraestructura. Además, la contaminación provocada por estas industrias y el daño ecológico tuvieron serias consecuencias. Varias zonas de la isla reciben actualmente fondos especiales de la Agencia de Protección Ambiental Federal (EPA, por sus siglas en inglés) para atender los daños ecológicos provocados por estas industrias.

Otras industrias pesadas son las vinculadas a la minería. En Puerto Rico se propuso la explotación minera del cobre desde mediados de la década de 1960. En 1958 una subsidiaria de Kennecott Copper Corp. recibió permiso del Gobierno del ELA para explorar la existencia de cobre en Lares, Adjuntas y Utuado en el área del río Tanamá. Poco después, la American Metal Climax Company (AMAX) recibió un permiso de exploración para su subsidiaria, Ponce Mining, con el objetivo de buscar cobre en el río Viví. Las dos compañías invirtieron 10 millones de dólares para la compra de terrenos y para los costos de investigación. El Gobierno de Puerto Rico había creado una Comisión de Minería en 1954 que carecía de experiencia en negociación y que aceptó recibir el 2% de las ganancias, producto de la extracción de cobre. Bajo la administración del gobernador Roberto Sánchez Vilella se detuvo el proyecto de explotación porque sus funcionarios exigieron una participación mayor en las ganancias, lo que generó resistencia de las compañías mineras. También, la oposición de amplios sectores populares dejó ver al Gobierno las consecuencias políticas del apoyo a la industria.

En 1980 los miembros del Taller de Arte y Cultura de Adjuntas supieron de la intención del Gobierno de apoyar nuevamente la explotación de las minas de cobre. Para ese tiempo calculaban en $5 billones la riqueza de los yacimientos. Producto de sus investigaciones, supieron que existía un documento llamado Plan 2020, que ilustra la planificación de Puerto Rico hasta el año 2020. En este documento se separaban 37,000 cuerdas de terreno en los municipios de Adjuntas, Utuado, Lares y Jayuya para la extracción del cobre usando la técnica de minería a cielo abierto. El plan proponía un modelo de desarrollo económico que incluía la construcción de represas, carreteras, parques industriales y plantas de tratamiento de aguas regionales. Se propuso y luego de construyó una represa en el barrio Maragüez de Ponce, que provocó la expulsión de una comunidad de 430 familias. También se mencionó la construcción de la represa de Tibes, actualmente en construcción, y la creación del superacueducto que hoy atraviesa el norte de la isla. Toda esta infraestructura estaba vinculada a la explotación minera. Además, se propuso una tubería de transmisión de agua que iría desde las represas mencionadas hasta Guayanilla, donde se ubicarían la refinería y la fundición de las compañías mineras. El proyecto de explotación estaba ubicado en la cuenca hidrográfica del río Grande de Arecibo, el mismo que hoy suple 100,000,000 millones de galones de agua diaria al área metropolitana.

En defensa del ambiente, el Taller de Arte y Cultura, luego llamado Casa Pueblo, movilizó a distintos sectores de Adjuntas y de distintas partes de Puerto Rico a través de conciertos, foros de discusión sobre la explotación minera, exposiciones, marchas, festivales de chiringas (cometas), entre otros. El objetivo era solidificar una actividad comunitaria en la que se educara al pueblo sobre el peligro que representaba la explotación minera mediante la expresión cultural. El resultado de 15 años de lucha fue el logro de una cultura de participación ciudadana en la que diversos sectores se opusieron al nuevo proyecto económico propuesto por el Gobierno. El 30 de junio de 1995, el gobernador Pedro Roselló firmó la ley que prohíbe la extracción de metales mediante la técnica de explotación a cielo abierto. En el lugar propuesto para las minas, la gente de Casa Pueblo sembró un bosque. Para aportar a la autogestión comunitaria crearon la empresa elaboradora del Café Madre Isla. Además, presentaron un proyecto de ley para asignar 30 millones de dólares a la defensa de los terrenos de alto valor ecológico y las cuencas hidrográficas.

Otras industrias convocadas para la segunda etapa de la Operación Manos a la Obra lo fueron las industrias farmacéuticas. Estas atienden en la isla tres áreas de producción. La primera es la de productos biológicos y se compone de extracciones bacteriales y cultivos virales, extracciones plasmáticas y derivados sanguíneos. La segunda atiende la química medicinal y los productos botánicos, se encarga de la síntesis y manufactura de ingredientes activos orgánicos e inorgánicos. La tercera se encarga de la fabricación y manufactura de drogas farmacéuticas para consumo humano o veterinario.

En 1982 solo había una farmacéutica de productos biológicos, 13 se encargaban de la química medicinal y 73 atendían las preparaciones farmacéuticas. La mayoría de las industrias, 76, provenían de Estados Unidos, 2 eran locales y 9 provenían de otros países. La Compañía de Fomento Industrial creó un sistema de otorgación de periodos de exención más largos a las empresas que se estableciesen en zonas más lejanas del área metropolitana y con menor actividad económica. Esta medida subsanaba los errores de la primera etapa de la Operación Manos a la Obra, en la que la mayoría de las industrias con exención contributiva se habían establecido en el área metropolitana. En el caso de las farmacéuticas, 52 compañías (59.8%) se encontraban para la década de 1980 en zonas de exención contributiva de 15 años, 31 compañías (35.6%) en zonas de exención contributiva de 10 años y 4 compañías (4.6%) en zonas de exención contributiva de 20 años.

En 1974 había 58 industrias farmacéuticas en la isla que emplearon un total de 5,444 obreros, de los cuales 2,012 eran mujeres. En 1981 había 78 industrias que emplearon un total de 11,746 obreros, de los cuales 4,500 eran mujeres. En 11 años aumentó el número de trabajadores de producción de 3,846 a 7,924. De 1974 a 1981 hubo un aumento en el número de industrias: otras 29 se establecieron en Puerto Rico. La industria farmacéutica contribuyó con 10,060 empleos nuevos en 11 años, esto representó un 59.6% de aumento.

Entre los problemas relacionados con la industria farmacéutica se deben mencionar los conflictos con los intereses de otras empresas estadounidenses y con el Gobierno federal. El asunto de los conflictos estaba relacionado con la sección 936 del Código de Rentas Internas. En 1976, la administración del gobernador Rafael Hernández Colón logró que el Congreso de Estados Unidos aprobara la sección 936 del Código de Rentas Internas federal, que concedía 100% de exención contributiva federal sobre las ganancias de las corporaciones estadounidenses generadas y mantenidas en Puerto Rico, también las que fueran repatriadas a los Estados Unidos. Esta sección fue parte de los procesos incipientes de globalización de la producción, el comercio y las finanzas de las empresas transnacionales. Algunas industrias farmacéuticas generaron estrategias para aumentar sus ganancias dentro de estas nuevas condiciones. Al trasladar los productos producidos en Puerto Rico a los Estados Unidos inflaron su precio en violación de la cláusula que establecía una relación estrecha entre la compañía matriz y la subsidiaria. Así se generaba una ganancia para la subsidiaria de Puerto Rico libre de contribuciones y la matriz informaba altos costos operacionales; disminuyendo también el dinero a aportar a las contribuciones del Gobierno federal.

El senador Robert Dole propuso eliminar la sección 936 del Código de Rentas Internas como alternativa a las prácticas de evasión contributiva de algunas industrias farmacéuticas. Esta medida representaba un grave peligro para un modelo económico que a finales de la década de 1980 había perdido su agricultura, la mayoría de la industria liviana y casi la totalidad de la industria pesada. Puerto Rico dependía mayormente de las aportaciones de estas industrias para su estabilidad económica. En 1996, el Congreso estadounidense aprobó la eliminación gradual de la sección 936 en un periodo de 10 años, lo que sin duda planteó investigar los intereses estadounidenses que se afectaban con su existencia. Sin embargo, lo que reflejó este problema fue la limitación que impuso el mantener una estrategia de desarrollo dependiente, que se mantuvo idéntica desde los comienzos de la Operación Manos a la Obra.

Otro problema que provocan las industrias farmacéuticas es el de la contaminación ambiental. Por ejemplo, la compañía Upjohn contaminó pozos que suplen el área de Barceloneta, Manatí y Vega Baja con el hidrocarburo llamado tetrocloruro de carbono (material cancerígeno). Como en el caso de las industrias mineras y petroquímicas, la contaminación provocada por las industrias farmacéuticas demuestra que el Gobierno de Puerto Rico ha sumado a las exenciones contributivas la entrega del ambiente de la isla como subsidio industrial en diferentes instancias en las que prima defender los recursos naturales y la salud de los puertorriqueños.