La Iglesia ha sido una influencia importante en el desarrollo y crecimiento de Puerto Rico desde las épocas de la conquista y colonización. La empresa de conquista de la Corona española incluía la cristianización de los nativos, además de su conversión a la lengua y a los valores del pueblo dominante. Por tanto, la religión y la educación se mezclaron desde el inicio. Cuando Ponce de León exploró por primera vez la isla, escribió un informe a la Corona en el cual solicitó, entre otras cosas, el envío de algunos clérigos para atender las necesidades espirituales de los españoles, así como también para la cristianización de los indígenas.

Las Leyes de Burgos dictaban las obligaciones de los colonos sobre los indígenas, y entre estas se encontraba el levantar una estructura que sirviera de iglesia para que los indios recibieran en ella los sacramentos. Además de esto, se ordenó que se les enseñara a leer y a escribir a los hijos de los caciques, se les impuso el matrimonio al estilo español y se les trató de cambiar la vestimenta poco a poco.

Se cree, por frecuentes referencias a actos religiosos, que en la isla hubo presencia religiosa posiblemente desde el 1509. En 1511, el rey Fernando ordenó a los franciscanos crear un convento en donde se alojaran y adoctrinaran a los hijos de los caciques más importantes para que luego estos se encargaran de adoctrinar a los demás. La Iglesia católica se puso al servicio de la Corona y se comenzaron a organizar parroquias, se construyeron iglesias y se educó a los indios. En 1512 se creó la Diócesis de San Juan, responsable de predicar y enseñar.

A partir de 1520 se fueron creando pueblos indígenas, más bien bohíos construidos cerca de la tierra para la siembra. De esta forma, los españoles les enseñaban a los indios destrezas de agricultura y de ganado, además de instruirlos en la religión. Más adelante, en los siglos XVII y XVIII, al igual que en el periodo inicial de conquista y colonización, la religión seguía influyendo en el desarrollo de Puerto Rico y esta vez a través de la fundación de los nuevos pueblos. Una de las primeras cosas que se hacía al fundar un pueblo era la iglesia, y se exigía que las haciendas también tuvieran una capilla que les diera la oportunidad a los trabajadores de elevar sus oraciones y realizar ceremonias religiosas.

Los dominicos, aparte de su labor religiosa, cumplían también una función educativa que constó del establecimiento de una casa de estudios de arte y gramática a la que podían acudir los vecinos del pueblo. Por otro lado, los franciscanos fundaron un convento en 1642, y las carmelitas, otro en 1646; y se creó también un Colegio de Estudiantes donde enseñaban gramática. Pero, la influencia de la religión no se limitó a la educación, sino que se extendía al Gobierno, pues la relación entre el Gobierno y la Iglesia era evidente debido al derecho al real patronato que, en 1508, el papa había concedido a los reyes católicos. Este les concedía jurisdicción sobre ciertos aspectos administrativos de la Iglesia, entre los cuales se encontraba la presentación de los obispos y los párrocos. De igual forma, el gobernador también podía intervenir en algunos procesos eclesiásticos. La Iglesia católica supervisaba variados aspectos de la vida de los habitantes de la isla a través de la Santa Inquisición que se había creado en España en 1478 para velar por la fe. En Puerto Rico, se nombró como inquisidor al obispo Alonso Manso, quien estableció un tribunal que velaba la conducta y moral pública de los cristianos. Este tribunal decayó con la muerte del obispo en 1539, pero en 1591 se restauró el Tribunal del Santo Oficio, esta vez con intenciones más políticas: velar que no entrara ningún luterano a la isla. La inquisición cerró sus funciones formalmente en Puerto Rico en 1610. Luego de esto, la relación de la Iglesia con la sociedad y el Gobierno de Puerto Rico ha sido variada, pero mucho menos significativa o influyente que en los siglos anteriores.