La Escuela de Medicina Tropical se estableció en 1924 ante la necesidad de crear una institución que se dedicara, particularmente, a la investigación médica de enfermedades tropicales, las cuales afectaban masivamente a la población. La escuela fue un centro de estudios posgraduados para médicos que desearan especializarse en estas enfermedades, convirtiéndose en el primer centro de estudio de esta índole en toda América.

La creación de la Escuela de Medicina Tropical, precursora de la actual Escuela de Medicina de la Universidad de Puerto Rico, fue producto de la evolución de una serie de comisiones que se crearon para el tratamiento de la anemia.

En el 1899, Bailey K. Ashford, médico del ejército estadounidense, a través de sus investigaciones, descubrió que la anemia tropical o uncinariasis era provocada por un parásito que accedía al cuerpo, mayormente, a través de los pies. El gobierno, para controlar esta epidemia, creó la Comisión de Anemia de Puerto Rico, cuyo propósito consistía en estudiar y proveer tratamiento para dicha enfermedad. La Junta estaba compuesta por Ashford, W.W. King y Pedro Gutiérrez Igaravídez, director del Hospital de Bayamón, que también estudiaba la enfermedad.

Bajo la dirección de la comisión, se creó el Servicio de Dispensarios de Anemia alrededor de la Isla. Estos centros, también, recibían numerosas visitas de personas con otras aflicciones tropicales, por lo que decidieron que no podían limitar el servicio médico sólo al tratamiento de la anemia.

Para abordar el estudio y tratamiento de las enfermedades endémicas, el gobierno ordenó una reorganización del Servicio de Dispensarios, lo que resultó en la creación del Servicio de Enfermedades Tropicales y Transmisibles.

Esta nueva institución, cuyo director fue el doctor Gutiérrez Igaravídez, estableció un laboratorio en cada uno de los siete distritos senatoriales. Los médicos que dirigirían los centros tenían que competir por el puesto aprobando una prueba que ofrecía el Servicio Civil de Puerto Rico. Esta institución se transformó en 1912 en el Instituto de Medicina Tropical e Higiene, cuya sede se encontraba en el sótano de la Casa Rosa, en el Viejo San Juan.

Con el propósito de hacer más efectiva la gestión de la entidad, los fundadores se propusieron incorporar el componente educativo a la organización. El 23 de junio de 1924, mediante la Resolución Conjunta Núm. 3, se ordenó la creación de la Escuela de Medicina Tropical. La misma constituiría parte de la Universidad de Puerto Rico. Esta resolución estipulaba, a su vez, que todas las propiedades del Instituto de Medicina Tropical e Higiene pasarían a manos de la escuela y disponía que se erigiera, en un lote junto al Capitolio, en Puerta de Tierra, un edificio adecuado para albergar las instalaciones de la misma. La construcción del complejo se finalizó en mayo de 1926. El primer curso de la institución se inició el 1º de octubre de ese mismo año.

La Escuela de Medicina Tropical fue la primera escuela de América fundada con el propósito de investigar y educar a médicos en esta especialidad. La administración de la institución estaba a cargo de una Junta Especial de Síndicos compuesta de cinco miembros. La Junta de Síndicos de la Universidad de Puerto Rico elegía tres de los integrantes, mientras que el nombramiento de los otros dos estaba a cargo de la Universidad de Columbia, organismo con el que se había concertado un acuerdo de cooperación (1925) para el funcionamiento de la escuela.

Este convenio estipulaba que la Universidad de Columbia de Nueva York disponía de la autoridad de establecer la política institucional y tendría a cargo los nombramientos de la facultad, con la aprobación de la Universidad de Puerto Rico. Sin embargo la carga económica recaería en el gobierno insular, mientras que la Universidad de Columbia se encargaría del sueldo del director y enviaría profesores para que ofrecieran los cursos que el profesorado regular no estuviese capacitado para ofrecer.

La escuela contaba con una biblioteca y laboratorios de bacteriología, química, patología, parasitología. En 1929, se le a añadió un hospital universitario con 40 camas.

El departamento y laboratorio para la prevención de peste bubónica y el Leprocomio Insular del Departamento de Salud fue puesto a la disposición de la escuela. Cuando se llevaban a cabo investigaciones en áreas rurales, se erigían laboratorios provisionales para hacer los estudios.

La Escuela de Medicina Tropical se convirtió en la principal institución de investigación en el tema, razón por lo cual atrajo a una gran cantidad de estudiantes graduados e investigadores de diversas partes del mundo. En 1941, comenzaron a ofrecerse cursos graduados en salud pública. Posteriormente, ofreció maestrías en salud pública, educación y enfermería.

Ante la necesidad de una institución educativa que formara médicos y profesionales de la salud, la Asamblea Legislativa de Puerto Rico aprobó la ley Núm. 378 de 15 de mayo de 1949, que derogaba la ley anterior que regía la Escuela de Medicina Tropical y ordenaba a la Universidad de Puerto Rico a crear la Escuela de Medicina.

A pesar de la oposición de la administración y el personal docente de la Escuela de Medicina Tropical, el 21 de agosto de 1950 se fundó la Escuela de Medicina de la Universidad de Puerto Rico, la cual ocupó la sede de Puerta de Tierra, dando fin a una etapa de la investigación científica puertorriqueña.