En las elecciones generales de 1960 quedó expuesto el debate sobre las relaciones entre la Iglesia y el Estado. Puerto Rico experimentaba por vez primera la intervención directa de la jerarquía católica en la acción político partidista. El Partido Popular Democrático (PPD), en el poder desde 1949, enfrentaba la oposición de una fuerza social tradicionalmente apartada de la contienda electoral. Aunque cuestionado por el asunto del estatus político, la atención del PPD se enfocaba, primordialmente, en contrarrestar la influencia política clerical.

Varios temas de interés público trabaron la controversia. Por un lado, la campaña gubernamental de control de la natalidad, según los postulados católicos, se trataba de un tema de alcance moral. No eran noveles las protestas eclesiales contra los programas promulgados por el PPD de esterilización de las mujeres y el uso de métodos anticonceptivos, las cuales tuvieron precedentes en la política pública desde la década de 1930. Otro tema controvertible fue la no aprobación de un proyecto de ley, apoyado por los católicos, de la autoría del legislador José Luis Feliú Pesquera, representante del Partido Independentista Puertorriqueño (PIP). El legislador propuso la obligatoriedad de la instrucción religiosa y moral en las escuelas públicas del país y el apoyo económico del Estado a las escuelas privadas. De inmediato ardió la llama de la discordia.

La Iglesia católica protestó públicamente las decisiones del Gobierno. En mayo de 1960 se llevó a cabo una manifestación frente al Capitolio en San Juan presidida por el arzobispo de la Arquidiócesis, el monseñor James P. Davis, y copresidida por el obispo de la Diócesis de Ponce, monseñor James McManus y su obispo auxiliar, el puertorriqueño, monseñor Luis Aponte Martínez. Aquel acto precedió la formación del Partido de Acción Cristiana (PAC). Argüían los prelados que las organizaciones políticas vigentes no representaban la idiosincrasia puertorriqueña, sino una vertiente de pensamiento liberal denunciada por la Iglesia. Respondieron al llamado instancias católicas laicas que, en común unión con sus líderes religiosos, fundaron una entidad de raigambre demócrata cristiana.

Arreciaron las diferencias entre el partido gobernante y la nueva organización. Sus discursos contenían acusaciones mutuas. Por un lado, el PPD, retado por un contrincante distinto a los acostumbrados, insistía en la separación entre la Iglesia y el Estado; por el otro, los jerarcas católicos emitieron cartas pastorales con el objetivo de promover el apoyo de la feligresía al PAC y prohibir el voto por el PPD y su candidato a la reelección como gobernador, Luis Muñoz Marín, por considerarlos anticristianos y anticatólicos. Esa posición tenía precedentes, por lo menos, desde la década anterior, cuando medios de difusión escrita de la Iglesia condenaban al Gobierno de Luis Muñoz Marín. El clima preelectoral presagiaba una votación con el matiz de un referéndum sobre el tema de la separación entre religión y política o Iglesia y Estado.
El Partido de Acción Cristiana, en cuanto a la composición electoral se refiere, aglutinó a sectores conservadores del Partido Estadista Republicano y del Partido Independentista Puertorriqueño, principalmente, provenientes de la clase media alta y profesional. Con apenas cinco meses previos a la fecha del sufragio de 1960, el PAC logró su inscripción oficial con el 10% de las firmas requeridas y acudió a las urnas.

Aquellas elecciones tuvieron consecuencias para todas las formaciones partidistas. Si bien los votos obtenidos por el PAC no le adjudicaron cuota alguna de poder en la estructura gubernamental, les restaron a las otras colectividades. El partido recién creado obtuvo 52,096 votos del total emitido para la candidatura a la gobernación (789,487). El PPD revalidó con un aumento de 433,010 en el año 1956 a 457,880. El Partido Estadista Republicano alcanzó 252,364 apoyos (en 1956 logró 172,838). Hubo una disminución significativa en el Partido Independentista Puertorriqueño, cuya cifra fue de 24,103 electores.

Las elecciones de 1964 fueron las últimas del PAC, cuando mermó su participación electoral. Los estadunidenses Davis y McManus, propulsores de la iniciativa del PAC, fueron trasladados a diócesis en Arizona y Nueva York, respectivamente; mientras tanto, en la isla los feligreses estrenaban nuevos obispos puertorriqueños. El liderato laico regresó a los espacios ideológicos estadoístas e independentistas. Había vencido una vez más el Partido Popular Democrático frente a sus adversarios. Quedaron cicatrices en el proceso histórico de las relaciones entre la Iglesia y el Estado en Puerto Rico.