1510-1511
Juan Ponce de León.
Fue nombrado capitán, juez y gobernador de la isla de San Juan Bautista, con lo que se establece en América el gobierno político de las Indias.

1511-1512
Juan Cerón.
Fue nombrado alcalde mayor por Diego Colón, quien de acuerdo a los pactos de Santa Fe, tenía permiso para designar gobernadores en las Indias. Fue destituido debido a unos informes enviados por Juan Ponce de León.

1512-1513
Rodrigo de Moscoso.
Ocupó el puesto de teniente gobernador. El nuevo gobernador llegó por el puerto del Partido de San Germán acompañado de Diego Colón.

1513-1515
Cristóbal de Mendoza.
Teniente gobernador. Gobernó desde San Germán donde Diego Colón tenía establecida la capital de la Isla.

1514-1519
Sancho Velázquez.
Recibió, también el título de repartidor de indios, y luego de Justicia mayor. En 1519, fue residenciado, encarcelado y condenado por el obispo Alonso Manso. Murió en prisión.

1519-1521
Antonio de la Gama.
Gobernador interino. Se casó con una de las hijas de Juan Ponce de León y renunció al puesto de gobernador de la Isla. Fue nombrado, nuevamente, gobernador en 1528.

1521-1522
Pedro Moreno.
Teniente gobernador. Fue también el primer procurador de San Juan. Fue relevado de su posición y se nombró al obispo Alonso Manso como su sucesor, aunque regresó al poder por segunda ocasión en 1525.

1522-1524
Obispo Alonso Manso.
Ocupó a mediados del 1522 el cargo de teniente gobernador, en carácter interino, por don Diego Colón. Por sus diligencias el obispado de Puerto Rico adquirió jurisdicción sobre todo el archipiélago de las Antillas.

1524-1525
Pedro Gasque.
Teniente gobernador.

1524-1528
Pedro Moreno.
Gobernador por segunda ocasión.

1528-1529
Antonio de la Gama.
Gobernador por segunda ocasión. Gobernó hasta diciembre del 1529. Fue nombrado gobernador de Castilla de Oro y precursor del Canal de Panamá. Más tarde obtiene el título de teniente de gobernador de Pizarro en el Perú (1537) mientras su familia todavía residía en San Germán.

1530-1536
Francisco Manuel de Lando.
Bajo su gobierno se realizó en el 1531 el primer censo que arrojó un total de 3,058 habitantes, entre los que se encontraban 387 españoles, 1,148 indios y 1,523 esclavos negros. Descubrió el valor estratégico de la Isla para España, el cual define en carta al emperador Carlos V, “…esta es la entrada y clave de todas las Indias…”. Al ceder la viuda de Cristóbal Colón todos los poderes sobre las Indias a la corona española, se vio forzado a entregar su cargo.

1536-1537
Vasco de Tiedra.
Teniente gobernador por don Luis Colón. Gobernó desde San Germán.

1537-1544
Alcaldes ordinarios.
Por real provisión, los regidores de los cabildos de la ciudad de Puerto Rico, hoy San Juan y San Germán, fueron autorizados a elegir entre los vecinos a los alcaldes ordinarios para ejercer el gobierno con jurisdicción civil y militar.

1544
Jerónimo (o Gerónimo) Lebrón.
Asumió el poder una vez terminado el gobierno de alcaldes. Fue nombrado para ocupar el puesto correspondiente al nieto de Ponce de León que no podía gobernar por minoría de edad. Durante su brevísima gestión, Lebrón promulgó las Leyes Nuevas del 1542 con la ayuda del Obispo Bastidas, en las que se declaraban libres, como cualquier ciudadano español, a los indios.

1545-1546
Iñigo López de Loaysa.
Gobernador y alcalde de la Fortaleza. En su breve mandato, efectuó la primera reforma estructural a la Fortaleza.

1546-1550
Antonio de la Vega,
Juez de residencia y gobernador de la ciudad e isla de Puerto Rico.

1550-1555
Luis de Vallejo.
Obtuvo título de juez de residencia y gobernador de la ciudad e isla por real provisión dada en Madrid. Gobernó la Isla desde San Germán. Su quinquenio de mando se distinguió por lo conflictivo de sus decisiones y las consecuencias políticas de su matrimonio con la nieta de Juan Ponce de León.

1555
Alonso de Estevez.
Llega a la isla y los concejales piden que se confirme en el cargo de gobernador permanentemente. Ejerció como gobernador interino.

1555-1564
Diego de Carasa.
Alcalde interino. Asume el cargo por segunda vez en 1555.
Primer representante en la isla del rey Felipe II.

1564-1569
Francisco Bahamonde de Lugo.
Gobernador por título dado en Aranjuez. Inaugura el ciclo de los gobernadores soldados.

1568-1575
Francisco de Solís.
Nombrado por la corona, juez de residencia, gobernador y justicia mayor. Fue el primero en instalar su residencia en La Fortaleza, convirtiéndola en Palacio de la Gobernación oficialmente.

1575-1579
Francisco de Ovando y Mexía.
Fue tomado como rehén por corsarios franceses y muere en poder de su captor. En su ausencia fue sustituido por Juan Troche, ingeniero militar y nieto de Juan Ponce de León.

1580-1581
Capitán Juan de Céspedes.
Fue sepultado en el presbíterio de la iglesia San José de San Juan. Primer gobernador en obtener el título de Capitán.

1581
Gerónimo de Agüero Campuzano,
Gobernador interino.

1581-1582
Capitán Juan López de Melgarejo.
Nombrado gobernador interinamente. Durante su gestión reestructuró el Morro. Tuvo a su cargo la confección de la descripción geográfica de la Isla.

1582-1593
Capitán Diego Menéndez de Valdés.
Desempeñó su cargo por 11 años, por lo que es el primer ejemplo de un largo período de mando. Organizó la Junta de Guerra de Puerto Rico. Bajo su gobierno, el ingeniero Juan Bautista Antonelli realizó el plano del Castillo de San Felipe del Morro. Existen ciertas controversias con respecto a su apellido. Algunos historiadores lo llaman Méndez y otros Meléndez. Según Cayetano Coll y Toste el apellido oficial es Menéndez.

1593-1597
Coronel Pedro Suárez.
Durante su gobierno se enfrentó al ataque del inglés Francis Drake. El clima, la disentería y la defensa diezmaron la escuadra inglesa, por lo que ésta se retiró al cabo de tres meses.

1597-1598
Capitán Antonio de Mosquera.
Durante su gobernación se suscitó el ataque del Conde Cumberland a Puerto Rico.

1599- 1602
Capitán Alonso de Mercado.
Gobernador, capitán general y alcaide de la Fortaleza. Su gestión fue elogiada por el cabildo. Había llegado a la isla después de servir por 40 años en Europa y América.

Nota: Estos artículos han sido editados y cotejados por académicos y especialistas en Historia. Pueden existir discrepancias entre historiadores con respecto a algunos datos.