Para comienzos del siglo XVII, la población de San Juan de Puerto Rico había tenido sus altas y bajas durante los cien años que transcurrieron entre el Gobierno de Juan López de Melgarejo (1581) y el de Bernardo Lancho Ferrer y Espejo (1680). El crecimiento de la población se afectó a causa de los múltiples ataques piratas y las enfermedades. Se calcula que la población total de la ciudad de San Juan para el 1640 era de entre 5,000 y 6,000 habitantes.

Fuera de San Juan, San Germán era el pueblo más habitado. Se estima que para el 1607 tenía 100 vecinos, que en ocasiones contaba con cinco o seis miembros en la familia, cuya actividad económica principal era la ganadería. En 1650, San Germán contaba con treinta casas construidas de paja. En San Felipe de Arecibo, para 1680, vivían algunos 80 vecinos dedicados a la pesca y el cultivo de jengibre y cacao. Coamo contaba, para 1617, con aproximadamente 40 vecinos. De acuerdo a datos similares, se calcula que la población en el interior de la isla, para 1650, era de unas 2,000 personas: 1,000 en San Germán, 300 en Arecibo y 700 en Coamo. En 1683 existía un núcleo urbano, tanto en San Francisco de Aguada como en Ponce.

Un sector significativo de la población de Puerto Rico en el siglo XVII fue el de los esclavos africanos. Se concluye mediante las cuentas de la Real Hacienda que entre 1607 y 1633 entraron legalmente alrededor de 2,240 esclavos. Esta cantidad de esclavos no era suficiente para la gran demanda de mano de obra, es por esto que se sustituyó el sistema de licencias que regulaban el traslado de esclavos africanos por el sistema de asientos. El asiento era un contrato exclusivo otorgado a una persona o compañía para que transportara a América una cantidad determinada de esclavos de áfrica. En el caso de Puerto Rico, los asentistas no cumplieron con los contratos por lo que nunca llegaron la cantidad de esclavos necesarios para suplir la demanda de mano de obra. En respuesta a esto, el contrabando vino a cubrir la necesidad esclava mediante su introducción ilegal a cambio de carne salada, cerdos, achiote, jengibre y cueros.

En el primer censo realizado en siglo XVIII, bajo la supervisión del mariscal de campo Alejandro O’Reilly, se mencionan 21 poblados y una población total libre de 39,846 personas. En el censo se observa que otras áreas fuera de San Juan aumentaron su población. Ponce, Añasco, Aguada y Arecibo sobrepasaban los 3,000 habitantes respectivamente, y poblados nuevos, como Guayama y Manatí, contaban con sobre 2,400 personas.

Según el censo de O’Reilly, en 1765 el número de personas libres en Puerto Rico era 39,846, mientras que la cantidad de esclavos que había era 5,037. Se estima que en Puerto Rico, en general, había un esclavo por cada diez personas libres. Además, este censo da cuenta de que para el 1765 el 43% de la población eran niños. El que la población fuera joven tuvo consecuencias particulares, principalmente en materia social. Los niño quedaban expuestos a mayores riesgos de enfermedades debido a la falta de servicios de salud por lo que sus expectativas de vida eran limitadas. El otro factor importante en esta consideración era el educativo. Según O’Reilly, solo había dos escuelas en toda la isla, una en San Juan y otra en San Germán. Sin embargo, hay datos que confirman la existencia de algunas otras en Bayamón y Guaynabo, y que San Juan contaba con una escuela primaria a cargo de los franciscanos y cátedras de enseñanza superior en la catedral y en el convento de los dominicos. Este alto porcentaje de niños significó que buena parte de la población estaba fuera de la fuerza laboral.

En 1756, en Puerto Rico todavía existía una diferencia entre San Juan y el resto de la isla. Los pueblos mantenían un estilo de vida rural y su gente vivía mayormente dedicada a la ganadería y la agricultura para poder subsistir. Se sabe que ya para el siglo XVII existían diferencias de clases en Puerto Rico, pero como todos padecían básicamente los mismos problemas económicos, la diferencia no era tan marcada. Se distinguía entre los terratenientes y los militares de entre el resto. La gente de San Juan adquiría tierra generalmente en el interior y a menudo establecía sus haciendas en Río Piedras.

Por otra parte, la Iglesia fue un factor importante en el tema sobre la población y el asentamiento de Puerto Rico. Esta institución influenció significativamente en el desarrollo de Puerto Rico durante los siglos XVII y XVIII. Se aprecia su influencia en la fundación de pueblos nuevos, ya que se generalizó la costumbre de establecer ermitas dedicadas a la Virgen o a algún santo. En muchos casos, se establecieron vecinos y surgieron pueblos que todavía se mantienen alrededor de dichas ermitas.