En el siglo XVI, con la conquista y colonización española, en Puerto Rico comenzó la convivencia de tres grupos sociales de razas diferentes: la indígena, la española y la africana. Cada una de ellas aportó significativamente a las características de las que se conforman hoy los puertorriqueños. En la convivencia de estas tres razas, la jerarquía de poder fue dominada por los españoles, quienes por medio del control socioeconómico y político implantaron su cultura. El indio y el africano resultaron ser la mano de obra; la fuerza trabajadora en su lucha constante por salvaguardar sus respectivas culturas.

En Historia general y natural de las Indias, Gonzalo Fernández de Oviedo dice que para 1510 había cerca de trescientos españoles en Puerto Rico. Pero, esta población, al año siguiente disminuyó significativamente debido a las enfermedades y el levantamiento de los indígenas.

Se sabe que vinieron personas de las distintas clases sociales de España durante los primeros veinte años del asentamiento español en la isla, entiéndase tanto miembros de la nobleza y caballeros, como artesanos y labradores. En 1517, el Gobierno español autorizó a que se pagaran gastos de manutención a todos aquellos labradores que quisiesen venir con sus mujeres a las Antillas. Un año más tarde, en 1518, decidieron ofrecer herramientas, plantas y semillas a todo el que quisiera hacer el viaje debido a que la agricultura y la población no habían progresado hasta el momento. Los resultados de estos ofrecimientos fueron 207 personas, veinte familias que arribaron a Puerto Rico en 1520.

Se requería un permiso especial para toda aquella persona que quisiera venir a América. Se les prohibía el viaje a moros, judíos y cristianos nuevos, o sea, a aquellos que se convirtieron al cristianismo en los últimos doscientos años luego de haber tenido un pasado judío o musulmán. La mayoría de la población que llegó a Puerto Rico eran andaluces, catalanes, extremeños y canarios.

No se conoce el número exacto de habitantes que llegó a Puerto Rico para esos años, pero se cuenta con los datos recogidos por Francisco Manuel de Lando, a quien en 1530 se le ordenó dar cuentas sobre el censo y la situación de la isla. Este censo incluía tanto a los españoles como a los indígenas y africanos. En cuanto a los españoles, se informó que para 1530 los colonos eran 426.

En el caso de los indios, gracias a datos arqueológicos y antropológicos se han calculado alrededor de 20,000 y 40,000, otros han dado cifras de entre 60,000 y 80,000 antes de la conquista. Ya para la época de la colonización, de acuerdo a Salvador Brau, en 1509 hubo una repartición de 60,000 indígenas, de los cuales en 1515 solo quedaban 14,636. Resulta ser muy significativa la reducción de la vida indígena, aun en los inicios de la conquista. Este descenso se explica con varias razones. En primer lugar: el maltrato, pero a este se le suman el desplazamiento físico de sus pueblos; la escasez de alimento; la intranquilidad a la que fueron sometidos —lo cual desfavorecía la fertilidad—; las enfermedades; la asimilación social y cultural; y la huida a territorio vecino.

Para 1772, todavía contaban a los indígenas en los censos de Puerto Rico, claro, se trataba de una cantidad reducida, y probablemente no eran descendientes directos de los originarios de la isla, sino que el producto de la mezcla con indios de otras partes, como de Jamaica, México, etc. En fin, la sociedad indígena se desintegró, perdiéndose para siempre sus formas de relacionarse como grupos, sus costumbres y creencias.

El tercer integrante poblacional: los africanos, llegaron a América en un principio, y en menor cantidad, como sirvientes domésticos, pero al surgir la disminución de la mano de obra indígena sirvieron de sustitutos para las labores forzosas. Se cree que los esclavos negros llegaron a Puerto Rico como esclavos domésticos, con Ponce de León en su segundo viaje en 1509. No fue hasta 1513 que se legalizó el tráfico de esclavos negros mediante una licencia para emplearlos en la agricultura y la minería. Al principio, estos permisos eran otorgados para permitir la entrada de hasta veinte esclavos africanos. Ya para 1518 se autorizaron hasta 500, pero se da cuentas sobre cómo comenzaron a traer cantidades mayores a la permitida. De esta forma aumentó significativamente la población africana en la isla. Convivieron en Puerto Rico, tanto esclavos bozales como cristianos.

Para 1530, había 1,930 esclavos africanos en San Juan y 333 en San Germán. Los esclavos que venían a Puerto Rico procedían de varias regiones de áfrica, por lo que entre ellos existían diferencias marcadas de lengua y tradición. Al mezclarse estos diferentes grupos con los españoles, se creó una cultura diferente. Todos estos factores afectaron la distribución poblacional entre los tres grupos culturales.

Veinte años después de que comenzó la colonización, la población española casi se había duplicado, pero esta distribución poblacional no fue continua.