El Archivo Histórico de la Arquidiócesis de San Juan se encarga de custodiar la memoria de la Iglesia católica en Puerto Rico. Además, este archivo resguarda material sobre la evangelización de la isla, también contiene documentos para el estudio demográfico, genealógico y hasta epidemiológico del país, dado que los religiosos también llevaban récord de estos datos.

La celebración del Quinto Centenario del Descubrimiento de América dio pie a la idea de que todos los documentos que una vez estuvieron contenidos en la Catedral de San Juan y en el antiguo obispado fueran recuperados y almacenados en un mismo lugar. Para estos esfuerzos se unieron la Universidad de Puerto Rico en Río Piedras, la Universidad del Sagrado Corazón y el Centro de Estudios Avanzados de Puerto Rico y el Caribe. Dichas universidades junto a la Arquidiócesis de San Juan organizaron y catalogaron los documentos, mientras que varios mexicanos especialistas en archivística y un grupo de estudiantes universitarios se dieron a la tarea de archivar, limpiar, identificar y clasificarlos. Este archivo existe desde 1988 y cualquier persona interesada en conocer sobre su historia familiar o procedencia lo puede visitar.

El Archivo Histórico Arquidiocesano está organizado en tres colecciones: Archivo Histórico Diocesano, el Archivo Histórico y el Archivo Histórico Parroquial. El conjunto de estas tres colecciones le permite al público conocer sobre la administración de la Diócesis de Puerto Rico hasta principios del siglo XX, la historia de la Iglesia católica en Puerto Rico, la historia económica de la Iglesia católica en el Puerto Rico del siglo XIX, etc. Cada una de estas colecciones está dividida en secciones. Se considera que la sección de Justicia es la más consultada para investigaciones genealógicas ya que contiene la división de Dispensas de Consanguinidad y las Probanzas de Solterías. Los interesados pueden encontrar los datos mediante una búsqueda dirigida por pueblo y año. Estos documentos datan aproximadamente del año 1840 hasta el siglo XX. Eran documentos necesarios, pues con ellos se corroboraban los parentescos sanguíneos y la soltería, información necesaria para el otorgamiento del permiso matrimonial.

Existen otras subdivisiones en el archivo como aquella que almacena la información sobra legitimación de la prole, licencias matrimoniales y divorcios eclesiásticos. La legitimación de la prole es el documento necesario para legalizar los hijos de una pareja que ha vivido muchos años en una relación consensual y han decidido contraer matrimonio religioso. Las licencias matrimoniales eran permisos otorgados por los padres a los hijos varones menores de 25 años y a las hembras menores de 23 que deseaban casarse. Luego de contraer matrimonio sagrado, si decidían divorciarse debían recurrir al divorcio eclesiástico, que consistía en presentarse ante el Tribunal Eclesiástico y exponer los motivos y pruebas contundentes que justificaran la separación. Después de divorciados, ninguna de las partes podía volver a casarse jamás.

En el Archivo Histórico existen dos fondos: Cabildo y Nuestra Señora de los Remedios. En el primero se encuentran todas las actas relacionadas con la administración de la diócesis y el Fondo de Nuestra Señora de los Remedios almacena los libros parroquiales de la Catedral de San Juan. La información más antigua que custodia este fondo se encuentra en el Libro I de Matrimonios de Blancos que comienza en 1653 hasta el 1725. Todos estos libros, hasta el 1854, estaban clasificados por calidades, esto quiere decir que las actas de bautismo y matrimonio de los esclavos, los pardos y morenos libres se encontraban en libros diferentes de aquellos que contenían las actas de los blancos. A pesar de que esta serie específicamente no está tan completa, ayuda a que se tenga una idea del índice demográfico de San Juan. Además de estos datos, existe en el Archivo otra subdivisión que contiene las actas de defunción y los testamentos hasta el 1920. Por último, cuenta con algunos libros de confirmaciones. La documentación del Archivo Histórico Arquidiocesano se completa con las colecciones pertenecientes al antiguo Seminario Conciliar y al Convento de las Reverendas Madres Carmelitas. El Archivo se encuentra ubicado en la calle San Sebastián, en el edificio del Palacio Arzobispal del Viejo San Juan.