Generalmente existe incertidumbre en cuanto a la utilización de los conceptos isla, islote y cayo; aunque estrechamente vinculados y con sutiles diferencias, hacen referencia a elementos distintos. De aquí la duda en cuanto a una delimitación precisa y matemática entre estas formaciones, donde a menudo también se incluye a los atolones. Las distinciones entre ellos se ciñen, básicamente, a extensiones territoriales mayores o menores. En ese orden se cuentan (al menos en la mayoría del Caribe) las islas, los islotes y los cayos. En la jurisdicción de Puerto Rico no se encuentran atolones, aunque sí en otras partes del Caribe. Los atolones conforman otro tipo de geoestructuras insulares de menor magnitud que las islas como tal, pero pueden ser mayores a los islotes y cayos propiamente, y en ocasiones mantienen concentraciones limitadas de habitantes. Otra importante diferencia es su formación geomorfológica, fundamentada en el desarrollo y la existencia de arrecifes coralinos.

Puerto Rico es un conjunto de islas y la principal —la de mayor magnitud y extensión territorial— lleva el nombre con el cual se nombra al conglomerado propiamente. De esta manera, existen bajo la jurisdicción de lo reconocido como Puerto Rico -aproximadamente- unas 140 geoestructuras insulares, entre islas, islotes (o isletas) y cayos (evidentemente de distintas extensiones y magnitudes) que bordean todas las costas de la isla principal. Al igual que el resto de las islas del Caribe, el origen geológico de las principales islas de Puerto Rico es volcánico y por ello son parte de la misma geoestructura que conforma el arco insular del Caribe, que se desarrolla en función de la actividad de subducción entre las placas tectónicas del Caribe y la de Norte América. Es el caso de las islas secundarias o adyacentes a la isla principal de Puerto Rico, como Vieques, Culebra, La Mona y Caja de Muertos.

Vieques, con un área total de 84 km² (32.4 millas cuadradas) y localizada a unos 13 km (8 millas) de la costa este de Puerto Rico; y Culebra, con un área total de 30.1 km² y localizada a unos 27 km (17 millas) de la costa noreste de la isla principal, son consideradas islas-municipio por su magnitud territorial y población. La isla de La Mona, con un área cercana a 57 km² y a una distancia aproximada de 70 km (43 millas) de la costa oeste de Puerto Rico, es esencialmente una reserva natural manejada por el Departamento de Recursos Naturales de Puerto Rico (DRNA); solo es habitada por personal del Cuerpo de Vigilantes del DRNA, quienes tienen la función de proteger y conservar su diversidad ecológica y medioambiental. Básicamente, La Mona es un gran laboratorio para investigaciones científicas: desde oceanografía, biología y ecología hasta arqueología y geología, entre otras áreas. Por otro lado, la isla de Caja de Muertos se localiza a unos 8 km (4.7 millas) de la costa sur de Puerto Rico y tiene un área total aproximada de unos 2.4 km² (0.9 millas cuadradas). Semejante a la isla de La Mona, Caja de Muertos es también una reserva natural, en este caso manejada bajo un acuerdo especial entre el DRNA y el Municipio Autónomo de Ponce.

No todas estas geoestructuras insulares tienen un origen estrictamente volcánico y tectónico separado del origen geológico y geomorfológico de la isla principal (Puerto Rico). Este fenómeno se manifiesta especialmente en la distribución de los tipos de cayos que se encuentran en Puerto Rico. Mientras los cayos en la costa norte son fundamentalmente promontorios de roca que quedaron separados de la isla principal de Puerto Rico debido a distintos procesos y eventos geológicos, los cayos de la costa sur y suroeste son el resultado de depósitos de sedimento y material orgánico (en su mayoría vegetativo del tipo manglar, y otros provenientes de deltas o estuarios aledaños) sobre arrecifes de coral. Sus extensiones varían desde unos cuantos metros cuadrados a 1 o 2 km².

Estas islas, islotes y cayos, que en su conjunto forman parte de lo que se concibe como una unidad singular denominada Puerto Rico, estuvieron unidos terrestremente a la isla principal. A partir de eventos geológicos y geomorfológicos de distinta magnitud y periodicidad -como erupciones volcánicas y procesos diastróficos en general (epirogénicos y orogénicos, como, por ejemplo, tectonismo y sismicidad, respectivamente) junto a los aumentos paulatinos en los niveles de mar- resultaron en el desarrollo y la separación perceptual de estos promontorios contiguos a las costas.

Algunas de estas islas, islotes y cayos en la costa este de Puerto Rico son: isla de Vieques y, bajo su jurisdicción, cayo Chiva, cayo de Tierra, cayo Jalova e isla Chiva; en la isla de Culebra y, bajo su jurisdicción, cayo Luis Peña, cayo Lobo y cayo Lobito, cayo Ballena, cayo Norte e isla Culebrita. En Fajardo se encuentran: cayo Diablo, cayo Icacos, cayo Largo, cayo Obispo, cayo Ratones, isla de Ramos, isla Palomino, Palominito y cayo Lobos, entre otros; en Humacao: cayo Batata y cayo Santiago; y en Naguabo: cayo Algodones.

En la costa sur de Puerto Rico se ubican: en Guánica, cayo Don Luis, cayo Terremoto, cayos de Caña Gorda, Gilligans Island (cayo Aurora), cayo Honda e isla Ballena. Bajo la jurisdicción del municipio de Guayama: cayo Caribes y Mata Redonda. En el municipio de Guayanilla: cayo María Langa y cayo Mata. En Juana Díaz, cayo Berbería. En Lajas: cayo Bayo, cayo Caracoles, cayo Collado, cayo Corral, cayo Enrique, cayo Mata Seca, isla Magueyes e isla Matei, entre otros. En Peñuelas: cayos Caribe, cayo Palomas, cayo Parguera y cayo Río. En Ponce: cayo Arenas, isla de Cardona, isla de Ratones, isla del Frío, isla Caja de Muertos, isla Morillito, isla de Gatas e isla de Jueyes. En jurisdicción de Salinas: cayo Mata, cayo Morrillo, cayo Puerca, cayos de Barca, cayos de Pájaros y cayos de Ratones. En Santa Isabel: cayo Alfeñique, cayos Cabezazos, cayos de Caracoles e isla Puerca.

En la costa oeste se encuentran, en el municipio de Cabo Rojo: cayo Fanduca, isla de Ratones, Roca Ola y Roca Velásquez. En el municipio de Mayagüez: isla de Desecheo, isla de la Mona e isla de Monito. En la costa norte se localizan, en el municipio de Camuy: cayo Peñón Brusi y cayo Peñón de Afuera. En Arecibo: cayo Los Negritos, Roca Cocinera, cayo Roca Resuello y cayo Tres Hermanas. En el municipio de Barceloneta: cayo Tres Hermanos. En Bayamón: isla San Juan. En Carolina: islote Numero Dos. En San Juan: isla Guachinanga, isla Piedra y cayo Peñón de San Jorge. En Toa Baja: isla de Cabras, isla de las Palomas y cayo Las Cabritas. En Vega Baja: isla de Cerro Gordo e isletas de Garzas.

Referencias:

Cruz Báez, Ángel David, Carlos J. Guilbe y Adolfo R. López
Vive la geografía de nuestro Puerto Rico.
Río Piedras: Editorial Cordillera, 2002.

López Marrero, Tania del Mar y  Nancy Villanueva Colón.
Atlas ambiental de Puerto Rico.
Río Piedras: La Editorial Universidad de Puerto Rico, 2006.