La provincia con mayor extensión geográfica en Puerto Rico es la del Interior Volcánico, la Cordillera Central. Esta región abarca el 59% del área de Puerto Rico y cubre 1,992 millas cuadradas. En esta zona los recursos de agua subterráneos disponibles provienen de rocas fracturadas de origen volcánico y la abundancia de valles aluviales.

La mayor parte de la Cordillera Central está formada por rocas de origen volcánico. El movimiento tectónico que sufrió la Isla contribuyó a deformar y fracturar intensamente la mayor parte de las rocas volcánicas que forman la zona. La extensión geográfica de las rocas volcánicas fracturadas contribuye al desarrollo de ciertas características que favorecen el almacenaje de agua subterránea, como la densidad y sedimentación en las fracturas, el ambiente en el cual se formó la piedra volcánica, la mineralización, la degradación de las rocas y la extensión de la zona saturada. La acumulación del agua subterránea es más abundante en zonas donde hay fracturas o fallas geológicas.

Los acuíferos aluviales del Interior de Puerto Rico se encuentran en los valles de Aibonito, Cayey y Caguas-Juncos, aunque existen otras áreas de depósitos aluviales de menor extensión. Los principales acuíferos aluviales nutren los grandes ríos de la zona.

El acuífero aluvial de Caguas a Juncos es el más importante del interior de Puerto Rico. Localizado en la parte central-este de la Isla, abarca la mayor parte de la zona urbana de Caguas. El acuífero, que se extiende a lo largo de los municipios de Caguas y Juncos e incluye sectores de Gurabo, ocupa un área de 35.1 millas cuadradas entre. El acuífero se formó por la acumulación de depósitos sedimentarios transportados desde la Cordillera Central por los ríos Gurabo y Grande de Loíza. Aunque el acuífero es capaz de producir cantidades de agua significativas, las extracciones se han reducido sustancialmente ante la contaminación con solventes industriales. Los pozos de mayor producción se encuentran en los centros de bombeo de la Autoridad de Acueductos y Alcantarillados (AAA) en los sectores de Bairoa y Las Catalinas, en Caguas; la zona urbana de Gurabo y en la Estación Experimental cerca de Juncos.

El Acuífero de Cayey es de menor importancia y capacidad versus otros valles aluviales de Puerto Rico. Ubicado en la cabecera del Río de La Plata, el valle aluvial que forma el acuífero ocupa un área de aproximadamente 3.2 millas cuadradas en la planicie de Cayey. El aluvión fue transportado a la planicie desde las laderas de la Sierra de Cayey, por el Río de La Plata y sus tributarios. El aluvión descansa sobre rocas de origen volcánico y, aunque no tiene espesores significativos, actúa como un conducto del agua que se infiltra hacia el material descompuesto y fracturado.

El acuífero de Cidra se encuentra en la parte central-este de la Isla y tiene un área de 0.44 millas cuadradas. Se formó de la acumulación de depósitos sedimentarios de los ríos Sabana y Bayamón, aunque también incluye la contribución de flujo de agua subterránea de las fracturas de rocas volcánicas en el perímetro del embalse Cidra. La ubicación de la mayor parte de los pozos cercanos al embalse sugiere que el agua que los nutre proviene, en su mayoría, del mismo embalse. La infiltración de agua superficial resulta en agua de calidad marginal, con altas concentraciones de nitrógeno y fósforo, lo que limita su uso porque requiere tratamiento para remover estos nutrientes.